Trong quá trình triển khai hệ thống VNACCS/VCIS, phát sinh những trường hợp không thể thực hiện bằng hệ thống VNACCS/VCIS. Vì vậy, Tổng cục hải quan đã ban hàng công văn số 4110/TCHQ-GSQL để hướng dẫn tạm thời thủ tục hải quan thủ công.
Theo công văn này, các trường hợp sau sẽ phải áp dụng khai thủ công:
+ Trường hợp không thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư số 22/2014/TT-BTC ngày 14 tháng 02 năm 2014 của Bộ Tài chính.
+ Trường hợp hệ thống xử lý dữ liệu của hải quan điện tư gặp sự cố và các trường hợp có hướng dẫn của Tổng Cục phải chuyển sang thủ tục thủ công khi triển khai hệ thống VNACCS.
Quy trình thủ tục hải quan đối với các trường hợp này thực hiện theo Quy trình thủ tục hải quan tương ứng ban hàng kèm theo Quyết định số 1171/QĐ-TCHQ, Quyết định 1279/QĐ-TCHQ và Quyết định số 2344/QĐ-TCHQ.
